1) Cobayas Sin peloCreados originalmente para realizar experimentos, son roedores con sistemas inmunitarios muy frágiles y muy sensibles a los cambios de la temperatura. Los más conocidos dentro de esta variedad son los llamados "Skinny" los cuales carecen casi totalmente de pelo, salvo en las patas, la nariz o la cabeza.
2) Cobayas AbisiniosEstas variedades presentan pelo más largo que el tradicional conejillo de indias. Poseen remolinos de pelo llamados rosetas, que se presentan en cada hombro, sobre la espalda, y en las caderas. La variedad de pelo brillante es la llamada Abisinio Satinado.
3) Cobayas TexelCon el pelo largo y ondeado, son los conejillos más difíciles de criar en cautiverio. Son una nueva raza de conejillo de indias con cuerpo corto y compacto.
4) Cobayas de cresta blancaEsta especie de conejillo de indias tiene un rosetón único blanco en la parte superior de la cabeza. También se lo conoce como cobaya Coronado Americano (White Crested).
5) Cobayas PeruanosEstos singulares roedores poseen un pelo liso y largo que cae simétricamente a ambos lados del cuerpo del conejillo, creando una larga raya al centro del dorso. El pelo crece encima de los ojos, pudiendo llegar a los 30 cm. Existe también la variedad Satinado, cuando el pelo mantiene las características mencionadas pero es más suave y brillante.
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